Najstarsze pisane wzmianki o Czekanowie pochodzą z drugiej połowy XV wieku. W 1464 r. dziedzicem osady, zwanej wówczas Czekanowo, był niejaki Hanus. Wieś należała w tym czasie do starostwa drohickiego. Jej rządcą (pr.ratorem) w 1477 r. był Grzymała Saczkowicz/Szakowicz h. Korczak. Król Aleksander Jagiellończyk (1461-1506) nadał wieś Czekanów Iwanowi (Iwaszce) Litaworowi Chreptowiczowi h. Odrowąż (zm. 1513 r.), marszałkowi hospodarskiemu (1489-1499; 1509-1513) i staroście (namiestnikowi) drohickiemu (1509-1512). Następnie przeszła ona w ręce rodzin: Wrzelowskich i Ciecierskich, kiedy to w 1571 r. Paweł Ciecierski h. Rawicz (zm. po 1580 r.) poślubił Annę Wrzelowską - wnuczkę wspomnianego Iwana Litawora Chreptowicza.
26 maja 1725 r. ówczesny dziedzic Czekanowa i Kamienobrodu - Baltazar (Balcer) Ciecierski (1688-1750), s. Tomasza i Jadwigi z Godlewskich, stolnik drohicki (1710-1750), który w 1712 r. poślubił Annę Gembicką, córkę Jana Pawła (zm. 1713 r.), kasztelana nakielskiego (1712 r.), ufundował miejscowej ludności unickiej drewnianą cerkiew pw. Przemienienia Pańskiego. Jednocześnie nadał kościołowi trzy włóki ziemi oraz dziesięcinę snopową ze swoich wsi. Kolatorem unickiej cerkwi w 1757 r. był jego syn Ignacy Urban Ciecierski (1720-66), stolnik drohicki (1750-66), żonaty (od 1749 r.) z księżną Teodorą Woroniecką (1724-94). W tymże roku funkcję proboszcza parafii unickiej w Czekanowie pełnił ks. Samuel Filanowicz, proboszcz w Sokołowie Podlaskim, zaaprobowany przez miejscowego dziedzica. Nadania Baltazara (Balcera) Ciecierskiego potwierdził w 1802 r. Dominik Ciecierski (1781-1828), marszałek szlachty obwodu białostockiego (1816-28). Kolejnym hojnym kolatorem kościoła był stolnikowicz nowogródzki Wawrzyniec Lisiecki h. Lis (ur. 1767 r.), sędzia graniczny ziemi drohickiej (1792-95), który 2 maja 1812 r. zakupił Czekanów od właściciela Ostrożan i Ciechanowca - Dominika Ciecierskiego i jego żony Konstancji z Grzybowskich (1788-1857).
W okresie prześladowania kościół unicki Czekanowie w 1867 r. został zamieniony na cerkiew prawosławną, a budynki kościelne rozebrano, sprzedając okolicznej ludności jako materiał budowlany. W 1874 r. ówczesny administrator parafii (1853-74) ks. Klemens Wasilewski (1822, po1874 r.) został internowany w Warszawie, a następnie zesłany w głąb Rosji. W 1885 r. byłą unicką świątynię zamknięto ze względu na zły stan techniczny. W trzy lata później zawaliła się ona, a na jej miejscu postawiono kapliczkę. Parafię skasowano, przyłączając wiernych w 1894 r. do klasztoru prawosławnego w Wirowie jako placówki macierzystej. Ok. 1900 r. prawosławne mniszki klasztoru żeńskiego z Wirowa kupiły tutaj folwark i urządziły we dworze prawosławną kaplicę, tworząc z niej filię duszpasterską. W 1912 r. w miejscu dawnej świątyni unickiej władze carskie postawiły małą kapliczkę, który była używana przez prawosławnych do ok. 1915 r. W 1919 r. - na mocy rozporządzenia nr 65 z 11 grudnia 1918 r. wydanego przez ks. Henryka Przeździeckiego (1875-1939), biskupa siedleckiego, czyli podlaskiego (1918-39) - kapliczka ta (pw. Przemienienia Pańskiego) została rekoncyliowana przez ks. Feliksa Franczewskiego (ur. 1866 r.), proboszcza skrzeszewskiego (1913-21), a w 1930 r. została rozebrana.
Pałacowa kaplica prawosławna istniała aż do 1923 r., kiedy to w pałacu należącym wówczas do Dyrekcji Lasów Państwowych zorganizowano schronisko (sierociniec) dla dzieci. W 1925 r. urządzono tutaj również kaplicę dojazdową, którą obsługiwali księża ze Skrzeszewa. Na usilne prośby mieszkańców ks. Henryk Przeździecki 5 stycznia 1925 r. nadał jej rangę kaplicy publicznej, a w następnym dokonał uroczystego poświęcenia. Dziesięć lat później dekretem z 2 września 1935 r. powołał do istnienia - z dniem 1 października tegoż roku - samodzielną filię duszpasterską (cum cura animarum). Pierwszym stałym duszpasterzem został ks. Miron Wróblewski (ur. 1901 r.), rektor w latach 1935-36, który w 1934 r. rozbudował wspomnianą kaplicę. Prace te kontynuował w 1947 r. ks. Bronisław Narojek (1908-87), rektor w latach 1947-1949.
Obecny murowany kościół pw. św. Andrzeja Boboli został wzniesiony w latach 1953-55 pod kierunkiem ks. Zygmunta Szymczaka (1911-81), ówczesnego administratora (1950-53), oraz ks. Tadeusza Zaremby (1892-1955), jego następcy w latach 1953-55. Staraniem ks. Kazimierza Marciszewskiego (1924-92), rektora tejże filii (1960-70), w latach 1960-62 kościół został rozbudowany. 15 czerwca 1974 r. konsekrował go ks. Jan Mazur, biskup siedlecki, czyli podlaski (1968-96).
1 września 1990 r. bp Jan Mazur podniósł ją do rangi samodzielnej parafii.
Obok kościoła stoi murowana plebania zbudowana w latach 1968-70 pod kierunkiem wspomnianego ks. Kazimierza Marciszewskiego.

Bibliografia:
Archiwum diecezjalne w Drohiczynie. III /Q/. Akta parafii Czekanów 1934-1990; P. Aleksandrowicz, Diecezja siedlecka, czyli podlaska, Sadowne 1956; M. Głowacki, Katalog duchowieństwa i parafii diecezji siedleckiej, czyli podlaskiej, Siedlce 1985; J. Maroszek, Dziedzictwo unii kościelnej w krajobrazie kulturowym Podlasia, Białystok 1996; M. Pietrzak, Kościoły i cmentarze ziemi sokołowskiej, Sokołów Podlaski 2002; J. Skowronek, U. Maksymiuk (red.), Martyrologia Unitów Podlaskich w świetle najnowszych badań naukowych, Siedlce 1996; S. Ulaczyk (oprac.), Rocznik diecezji drohiczyńskiej. Spis parafii i duchowieństwa 1999, Drohiczyn 1999.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 11.00
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 7.30

Odpusty w parafii: niedziela po uroczystości św. Andrzeja Boboli, na zakończenie 40-godzinnego nabożeństwa.
Nabożeństwo adoracyjne: 6-8 grudnia

Księgi metrykalne:
Księga chrztów: od 1935 r.
Księga małżeństw: od 1935 r.
Księga zmarłych: od 1936 r.