Podczas wizyty w Izraelu Prezydent RP Aleksander Kwaśniewski oskarżył Radio Maryja o antysemityzm i stwierdził, że jest ono "czasem antyprezydenckie". Wypowiedź ta, nagłośniona przez media krajowe i zagraniczne, uderzyła w dobre imię Radia Maryja, które wyraziło stanowczy protest przeciwko powyższym oskarżeniom w oświadczeniu rzecznika prasowego z dnia 30 maja 2000 r.
Niebezpieczeństwem zaistniałej sytuacji jest uczynienie z niej tematu zastępczego, absorbującego media i komentatorów oraz odwracającego uwagę opinii publicznej od ważnych spraw Ojczyzny. Prosimy zatem, aby zamiast wytwarzania atmosfery sensacji, zwrócić uwagę na problemy bezrobocia, bezdomności, demoralizacji dzieci i młodzieży, wyprzedaży majątku narodowego rozpoczętej przez postkomunistów.
Radio Maryja, szanując zdobycze i reguły demokracji, podkreśla podmiotowość słuchaczy i ich prawo do publicznego wyrażania własnych opinii, jednocześnie nie utożsamia się z poglądami i opiniami niektórych słuchaczy, biorących udział w dyskusjach religijnych i publicystycznych.
Oficjalne stanowisko rozgłośni wyrażają - dyrektor Radia Maryja i rzecznik prasowy. Powielanie pomówień Radia Maryja o antysemityzm uważamy za głęboko niesprawiedliwe i krzywdzące, dlatego nadal domagamy się od Pana Aleksandra Kwaśniewskiego sprostowania nieprawdziwych opinii oraz przeprosin na forum krajowym i międzynarodowym.
Dziękujemy wszystkim osobom indywidualnym oraz organizacjom, którzy rozumieją wagę problemu i wspierają Radio Maryja.

Toruń, 16 czerwca 2000 r.