Diecezja zamojsko-lubaczowska została powołana do istnienia 25 marca 1992 r. na mocy bulli Ojca Świętego Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae populus i stanowi część metropolii przemyskiej. Biskupem zamojsko-lubaczowskim został bp Jan Śrutwa, od 1984 r. biskup pomocniczy diecezji lubelskiej. W skład diecezji weszły tereny byłej diecezji lubelskiej oraz cała była administratura apostolska w Lubaczowie. Patronką diecezji jest Święta Boża Rodzicielka Maryja Matka Odkupiciela. Stolica diecezji znajduje się w Zamościu, mieście wpisanym w 1992 r. na listę Światowego Dziedzictwa Kultury UNESCO. Katedrę, dawną kolegiatę, konsekrował 18 listopada 1637 r. biskup chełmski Jan Chrzciciel Zamoyski, zaś konkatedrę w Lubaczowie poświęcił 2 czerwca 1991 r. Jan Paweł II.
Główne sanktuarium maryjne diecezji znajduje się w Krasnobrodzie, poza nim Matka Boża odbiera cześć w cudownych wizerunkach m.in. w Tomaszowie Lubelskim, Nabrożu, Łukawcu, w katedrze zamojskiej. Wśród innych sanktuariów na szczególną uwagę zasługują Radecznica - kult św. Antoniego i Górecko Kościelne - kult św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Z terenem diecezji związani są wyniesieni na ołtarze: św. Brat Albert, który w 1891 r. założył pierwsze pustelnie dla swych braci w Monasterzu k. Werchraty i dla sióstr w Starym Bruśnie, św. s. Maria Bernardyna Jabłońska, albertynka, którą 6 czerwca beatyfikował Papież Jan Paweł II, oraz bł. ks. Zygmunt Pisarski i bł. Stanisław Starowieyski, beatyfikowani wśród 108 Męczenników II wojny światowej.
10 czerwca 1998 r. Ojciec Święty mianował dla diecezji biskupa pomocniczego. Został nim ks. dr Mariusz Leszczyński. 5 sierpnia 2006 r. decyzją Stolicy Apostolskiej nowym biskupem diecezji został ks. prał. Wacław Depo, dotychczasowy rektor WSD w Radomiu. Bp Jan Śrutwa przeszedł na emeryturę.
W latach 1992-2005 zostało wyświęconych dla diecezji 187 kapłanów. Na początku 2006 r. Seminarium liczyło ogółem 103 alumnów. Pod koniec 2005 r. diecezja liczyła 470 324 wiernych, 19 dekanatów, 179 parafii, 432 księży, z których 33 pracuje wśród Polonii i na misjach. Na różnych uczelniach w kraju i za granicą studiuje 9 księży. W diecezji znajduje się 19 instytutów życia konsekrowanego: 4 męskie i 15 żeńskich, w 29 domach zakonnych.