Prof. Jan Łopuski należy do osób - chyba nielicznych w środowisku naukowym - które z ręką na sercu mogą o sobie powiedzieć, że nie poszły na żadne kompromisy i układy ze służbami specjalnymi w PRL, od których w tamtym czasie bardzo często była uzależniona naukowa kariera i możliwość zagranicznych wyjazdów.
Miał to szczęście, że przed wojną skończył prawo na Uniwersytecie Jagiellońskim i trzy lata Akademii Handlowej w Krakowie, odbył też praktyki w przedsiębiorstwach morskich w Gdyni, więc gdy (korzystając z możliwości ujawnienia się) w 1947 r. powrócił z Wielkiej Brytanii do Polski, od razu znalazł zatrudnienie w Trójmieście. Choć w pracy naukowej napotykał od początku trudności, to jego doskonałe przygotowanie z zakresu prawa morskiego ceniono w Ministerstwie Żeglugi, które w 1963 r. wysunęło jego kandydaturę do pracy w Międzynarodowej Morskiej Organizacji Doradczej w Londynie (IMCO). Jednocześnie funkcjonariusz SB przeprowadził z nim rozmowę, proponując podjęcie działalności wywiadowczej w polskim środowisku emigracyjnym w Londynie. Odmówił, więc nie wyjechał. Nie zgodził się też składać sprawozdań z wyjazdów zagranicznych swojemu bezpośredniemu zwierzchnikowi, sekretarzowi POP PZPR, gdyż ich przeznaczenie było dla niego oczywiste. Burzę zbierającą się wtedy nad jego głową uprzedził… wytykając naukowe oszustwa swojego szefa. Dosyć powszechną praktyką było wówczas dopisywanie się partyjnych ideologów do prac naukowych różnych osób, co wiązało się z gromadzeniem dorobku naukowego i dzieleniem się honorarium, więc środowisko nie bardzo wiedziało, co począć z taką donkiszoterią kolegi i na wszelki wypadek zaczęło od niego stronić. Pojawiły się też kłopoty z habilitacją.
Odetchnął dopiero w 1971 r. na Uniwersytecie im. Mikołaja Kopernika w Toruniu, gdzie utworzono dla niego zakład zajmujący się problematyką międzynarodowego obrotu cywilnego (jedyny na wydziale, w którym nie było członków PZPR). Mógł bez przeszkód poświęcić się pracy naukowej, choć nie ominęły go szykany ze strony części gdańskiego środowiska uniwersyteckiego, związane z nadaniem mu tytułu profesora nadzwyczajnego. Jako dziekan Wydziału Prawa i Administracji, wybrany w pierwszej demokratycznej elekcji w 1981 r., odegrał ważną rolę, zwłaszcza w dramatycznych miesiącach stanu wojennego. Na znak protestu przeciw odwołaniu rektora podał się do dymisji i poprosił o roczny urlop. Niejako w odwecie SB przeprowadziła w jego toruńskim domu rewizję, ale szczęśliwie wcześniej zdołał wywieźć zgromadzone materiały archiwalne, które posłużyły mu do napisania książki o losach Armii Krajowej na Rzeszowszczyźnie w tragicznym okresie drugiej połowy 1944 r. Tak zaczęło się upamiętnianie towarzyszy broni, którzy zginęli w walkach lub po wojnie zostali zamordowani w majestacie prawa. Będąc uczestnikiem tamtych wydarzeń (należał do kierownictwa Inspektoratu Rzeszowskiego), podczas różnych spotkań organizowanych przez Kościół starał się przywracać prawdę o tamtych wydarzeniach i postaciach, takich jak mjr Łukasz Ciepliński, którego imię nosi dziś jedna z głównych ulic Rzeszowa. W latach 80. ubiegłego wieku było to jednak traktowane jako wroga działalność, a karą za to było zatrzymanie służbowego paszportu. Właściwie to nawet niewiele trzeba było, aby go otrzymać, jedynie porozmawiać z „panem pułkownikiem”, jak robiło to wielu naukowców. Prof. Jan Łopuski odmawiał.
Odmówił też wcześniej przyjęcia Krzyża Kawalerskiego Orderu Odrodzenia Polski. - Ja tej władzy po prostu nie lubiłem i nie miałem zamiaru przyjmować od niej żadnych wyróżnień - mówi po latach. Mimo to otrzymał wtedy bez żadnych komplikacji prywatny paszport i wyjechał w 1985 r. na trzy miesiące do Kanady. Pewnie liczono, że już do Polski nie wróci. Ale wrócił, po drodze załatwiając sprawę wydania swoich akowskich wspomnień.
To właśnie w tamtych czasach należy szukać źródeł takiej jednoznacznej postawy Pana Profesora w czasach PRL. Czy ktoś, kto walcząc w konspiracji, wielokrotnie zaglądał śmierci w oczy, a później przetrzymał śledztwo NKWD i obóz w Stalinogorsku, mógł wchodzić w jakieś układy ze służbami, których nie akceptował? A że czyniło to wielu jemu podobnych? Dziś tłumaczą, że podpisali, ale nie donosili albo nikomu nie szkodzili. Dla prof. Łopuskiego taka postawa była nie do przyjęcia. - Gdybym się do czegoś zobowiązał, musiałbym to wykonać - wyjaśnia mi i przytacza przykład z czasów wojny oficera, który załamał się w śledztwie i zobowiązał do współpracy z Niemcami, a zwolniony, opowiedział o wszystkim swojemu dowódcy i popełnił samobójstwo. Takie pojmowanie honoru widoczne jest w obu książkach prof. Jana Łopuskiego, wyniósł je bowiem z domu rodzinnego. Te pozycje powinny stanowić ważne uzupełnienie napisanych przez niego naukowych podręczników, na których wychowują się kolejne pokolenia studiujących prawo morskie.
Władze Rzeszowa, doceniając wojenne i powojenne zaangażowanie prof. Jana Łopuskiego, nadały mu w 2000 r. tytuł Honorowego Obywatela Rzeszowa. Naukowe osiągnięcia Profesora Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu uhonorował w 2006 r. wyróżnieniem „Convallaria Copernicana”.

Jan Łopuski, „Losy Armii Krajowej na Rzeszowszczyźnie (sierpień - grudzień 1944). Wspomnienia i dokumenty”, Editions Spotkania, Warszawa 1990.
Jan Łopuski, „Pozostać sobą w Polsce Ludowej. Życie w cieniu podejrzeń”, IPN Rzeszów 2007.