Kard. Wyszyński więziony był na pierwszym piętrze klasztoru przylegającego do świątyni, ale - zgodnie z zakazem władz, nigdy nie mógł do niej zejść - przypomniał na początku liturgii abp Józef Górzyński. Metropolita warmiński przypomniał, że właśnie podczas internowania w Stoczku Klasztornym Prymas Polski ułożył swój osobisty akt zawierzenia się Matce Bożej. Modlitwę tę odczytał w imieniu wszystkich zgromadzonych na zakończenie Mszy św. abp Wojciech Polak.

Wspominnjąc postacie błogosławionego Prymasa Wyszyńskiego i św. Jana Pawła II, jako pasterze Kościoła w Polsce modlimy się, abyśmy choć trochę potrafili ich naśladować - powiedział abp Górzyński. Podziękował też opiekunom sanktuarium w Stoczku Klasztornym, księżom marianom, za opiekę nad tym miejscem.

Ks. Eugeniusz Zarzeczny przełożony polskiej prowincji tego zgromadzenia powiedział w homilii, że do uwięzienia Prymasa w tym miejscu można odnieść słowa Psalmu 12: “Choć idą i płaczą, niosąc ziarno na zasiew/Powrócą z radością, niosąc swoje snopy”.

Początki sanktuarium datowane są na XVII wiek, gdy po zakończeniu wojny ze Szwecją, w 1635 r. decyzją biskupa warmińskiego Mikołaja Szyszkowskiego jako wotum dziękczynne wybudowano kościół pw. Nawiedzenia NMP. Opiekę nad świątynią powierzono bernardynom, w 1666 r. powstał ich klasztor. Od 1957 r. sanktuarium opiekują się księża marianie.

W 1987 r. papież Jan Paweł II włączył kościół NMP Matki Pokoju w poczet bazylik mniejszych.

W części klasztornej sanktuarium znajduje się dziś izba pamięci kard. Stefana Wyszyńskiego, który był więziony w Stoczku Klasztornym od 12 października 1953 r. do 6 października 1954 r. W tamtejszym sanktuarium maryjnym znajduje się bardzo dobrze udokumentowane muzeum poświęcone Prymasowi Tysiąclecia.

Dla Prymasa przeznaczono gabinet połączony z małą sypialnią po jednej stronie i kaplicą po drugiej. Do obydwu pomieszczeń nie można było wejść bezpośrednio z korytarza klasztornego lecz tylko z gabinetu Prymasa. „Wprowadzono mnie na pierwsze piętro, na szeroki korytarz, oświetlony na biało; wszędzie znać świeżą farbę. (...) w tym domu mam do rozporządzenia dwa pokoje, kaplicę, korytarz i ogród” – zanotował Prymas w „Zapiskach więziennych”.

W trakcie pobytu w Stoczku Prymas podupadł na zdrowiu z powodu złych warunków panujących w miejscu uwięzienia: ściany klasztoru były wilgotne, kamienne posadzki bardzo zimne, zimą woda ściekająca po ścianach zamieniała się w lód. Klasztor otoczony był zewsząd gęstym lasem, drzewa okręcono drutem kolczastym i wmontowano w nie podsłuchy. Korytarzy klasztornych dzień i noc pilnowało ok. 30 funkcjonariuszy UB w cywilu.

Współwięźniami Prymasa w sąsiednich celach byli ks. Stanisław Skorodecki (miał pełnić funkcję kapelana, ale Prymas go z niej zwolnił) oraz siostra Maria Leonia Graczyk, franciszkanka Rodziny Maryi (jako pielęgniarka). Po latach okazało się, że oboje byli uwikłani we współpracę ze SB, czego Prymas prawdopodobnie się domyślał już w Stoczku.

W Stoczku Prymas Wyszyński dokonał osobistego aktu oddania się w macierzyńską niewolę Maryi, co nastąpiło 8 grudnia 1953 r., w uroczystość Niepokalanego Poczęcia NMP, przed obrazem Świętej Rodziny. Prymas przygotował się do tego aktu przez trzydniowe rekolekcje. W swoim dzienniku zapisał: „oddałem się dziś przez ręce mojej Najlepszej Matki w całkowita niewolę Chrystusowi Panu. W tym widzę łaskę dnia, że sam Bóg stworzył mi czas na dokonanie tego radosnego dzieła”. Akt ten stał się w przyszłości podstawą programu wielkiej nowenny przed Milenium Chrztu Polski i

odnowienia Ślubów Jasnogórskich Narodu.

Obecnie w celi więziennej Prymasa znajduje się Izba Pamięci, a w niej biurko, krzesło, stół z ołtarzykiem, klęcznik, łóżko. Obejrzeć można też m.in. ekspozycję fotografii i pamiątek z okresu odosobnienia Prymasa. W gablotach pod ścianą są fotografie z odwiedzin Prymasa po latach w Stoczku oraz teksty i pamiątki z lat uwięzienia: rękopis wykazu książek, o które prosił nadzorców więziennych oraz ponowienie tej prośby po dłuższym bezskutecznym oczekiwaniu. W gablotach eksponowane są książki i teksty autorstwa Prymasa oraz fotografie ukazujące go przy pracy, wśród członków rodziny oraz mieszkańców Domu Arcybiskupiego w Warszawie.

W sypialni Prymasa zachowało się stare drewniane łóżko pokryte ciemną kapą, nocna szafka, żelazna umywalka z miednicą oraz dzban na wodę. Nad łóżkiem obraz Matki Bożej Częstochowskiej i krzyż z suchych gałęzi. W rogu przy oknie stary fotel wyściełany bladoróżową tkaniną. Obok na tablicach widoczne są teksty: akt osobistego oddania się Matce Bożej i „List do ojca” napisany 17 października 1953 r. Eksponowany jest także cenny rękopis „Aktu osobistego oddania się Matce Bożej” oraz zdjęcia z 8 grudnia 1953 r.

6 października 1954 r. Prymas Wyszyński został przewieziony ze Stoczka do kolejnego miejsca uwięzienia, w Prudniku-Lesie na Śląsku Opolskim, a następnie do Komańczy. Został uwolniony dopiero 28 października 1956 r. i wrócił do Warszawy.