Jeżeli chodzi o podatek dochodowy, to odnosił się on do zasadniczej większości osób duchownych. Na podstawie kolejnych dekretów i ustaw, które uchyliła wspomniana ustawa z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, duchowni byli zobowiązani do prowadzenia ksiąg podatkowych, które w dość dowolny sposób uznawane były za dowód w procesie ustalania podstawy opodatkowania. Krótki okres poprawy stosunków państwo - Kościół po październiku 1956 r. dał możliwość ustalenia odmiennego sposobu opodatkowania duchownych, mianowicie wprowadzono ryczałtowy sposób ustalania wysokości dochodów, w zależności od liczby mieszkańców parafii i jej położenia. Okólnikiem ministra finansów z 25 lutego 1959 r. podatek ten znacznie podniesiono i w takiej formie przetrwał on do 9 kwietnia 1982 r. (Dz. U. z 1982 r., nr 12, poz. 96) i 20 grudnia 1991 r. (Dz. U. 1991 r., nr 124, poz. 552). Na mocy tych rozporządzeń wyznaczano osobie duchownej już nie przewidywaną wysokość dochodu, ale kwotową, kwartalną wysokość podatku, zależną od funkcji duchownego, liczby mieszkańców parafii (nie wiernych) i jej położenia.
Opodatkowanie duchownych uzyskało swoją konkretną podstawę ustawową dopiero na mocy ustawy z dnia 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku duchownych od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz. U. z 1998 r., nr 144, poz. 930). Ustawa ta reguluje opodatkowanie zryczałtowanym podatkiem dochodowym niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne, które prowadzą pozarolniczą działalność gospodarczą, a także przez osoby duchowne. Dotyczy ona zatem zryczałtowanego podatku dochodowego w formie ryczałtu dochodowego od przychodów ewidencjonowanych, karty podatkowej i zryczałtowanego podatku dochodowego od przychodów osób duchownych. Wpływy z tych podatków, oprócz karty podatkowej, stanowią dochód budżetu państwa. Źródło dochodu zostało określone analogicznie jak we wcześniej obowiązujących rozporządzeniach - są to przychody z opłat otrzymywanych w związku z pełnionymi funkcjami o charakterze duszpasterskim. Kwartalne stawki ryczałtu zamieszczone są w załącznikach do ustawy (nr 5 i 6) i stosuje się je odpowiednio do osób duchownych innych wyznań, którzy sprawują porównywalne funkcje. Podobnie jak to miało miejsce w rozporządzeniach, przewidziano stawki ryczałtu dla duchownych kierujących parafią i wikariuszy, w zależności od wielkości parafii (liczy się ilość mieszkańców) i miejsca zamieszkania. Wysokość ryczałtu ustalana jest odrębnie na każdy rok podatkowy przez właściwy według miejsca wykonywania funkcji o charakterze duszpasterskim urząd skarbowy. Opłacanie ryczałtu pozostaje jedną z możliwości regulowania obowiązku podatkowego przez osoby duchowne. Mogą one zrzec się opodatkowania w tej formie i opłacać podatek dochodowy na ogólnych zasadach, prowadząc księgę przychodów i rozchodów.
Jak z powyższego wynika, zarówno Kościół, jak i osoby duchowne, płacą podatki i uczestniczą we wspomaganiu budżetu państwa, na miarę swoich dochodów. Tradycyjnie Kościół katolicki oraz inne kościoły i związki wyznaniowe, a także osoby duchowne, utrzymują się z ofiar składanych przez wiernych. Dzieje się to w sposób wymykający się uregulowaniom prawnym. Mimo tego opodatkowanie kościelnych instytucji i osób prawnych, jak i osób duchownych jest uregulowane prawnie w sposób czytelny i przejrzysty. Twierdzenie zaś, że Kościół i duchowni nie płacą podatków, a tylko korzystają z ulg i zwolnień podatkowych, w świetle przytoczonych wyżej przepisów prawa, nie wytrzymuje krytyki. Ulgi i zwolnienia podatkowe względem Kościoła i jego instytucji zamieszczone w regulacjach prawnych mają przede wszystkim na celu wspieranie Kościoła w prowadzeniu przez niego różnych dzieł religijnych, charytatywno-opiekuńczych, oświatowych i wychowawczych, które służą dobru człowieka.