Pod koniec lutego 1965 r. odżył problem Konwencji w sprawie zwalczania dyskryminacji w dziedzinie oświaty. 22 lutego pod adresem Sekretarza Episkopatu nadeszła odpowiedź na pismo z końca 1964 r. Odpowiedzi udzielił jednak nie adresat, prezes Rady Ministrów, ale dyrektor Urzędu do Spraw Wyznań Tadeusz Żabiński. Autor odpowiedzi całkowicie zlekceważył uwagi Episkopatu. Pismo Żabińskiego było z jednej strony "hymnem pochwalnym" dla rządu, który tak prowadzi sprawy związane z wychowaniem i nauczaniem młodzieży, że nie można systemowi oświaty nic zarzucić. Z drugiej strony zaś zawierał bezpodstawne oskarżenia pod adresem Sekretarza Episkopatu i pośrednio wobec hierarchii Kościoła o nawoływanie do naruszania porządku prawnego. Dyrektor Urzędu do Spraw Wyznań zagroził również sankcjami karnymi.

W takiej sytuacji Ksiądz Prymas poczuł się zobowiązany interweniować osobiście. Wystosował list do premiera Józefa Cyrankiewicza, w którym raz odniósł się do listu Żabińskiego i problemów związanych z naruszaniem Konwencji w sprawie zwalczania dyskryminacji w dziedzinie oświaty.

Ksiądz Prymas pisał między innymi:

Episkopat Polski jest zdziwiony treścią i tonem wyżej wymienionego pisma Dyrektora Urzędu do Spraw Wyznań. Pomija on bowiem prawie w zupełności rzeczową stronę uprzedniego pisma Sekretarza Episkopatu, nie stanowi więc odpowiedzi na nie. Ponadto pismo dyr. Żabińskiego sugeruje Sekretarzowi Episkopatu "próbę inspirowania i organizowania akcji wyłamywania się spod obowiązujących ustaw państwowych" oraz nawoływania do naruszania porządku prawnego. Podsumowanie tego rodzaju jest sprzeczne z obowiązującym w PRL ustawodawstwem oraz podstawowymi zasadami moralnymi.

Kard. Stefan Wyszyński stwierdził ponadto, że władze państwowe przekraczają swoje uprawnienia, wchodząc w sprawy wychowania księży. Taka ingerencja władz państwowych wzbudziła niepokój w Stolicy Apostolskiej, czego wyrazem było pismo Prefekta Kongregacji Seminariów i Studiów Uniwersyteckich skierowane do Księdza Prymasa.

Podkreślił, że Kościół zgadza się na takie formy nadzoru nauczania w seminariach duchownych, jakie są stosowane wobec innych polskich wyższych uczelni. Niestety, kuratorzy wizytujący seminaria przekraczali tę miarę. Co ponadto jest dyskryminacją. By nie być gołosłownym, Prymas Tysiąclecia wymienił także cały szereg takich działań kuratoriów państwowych, których nie da się pogodzić ani z istniejącymi przepisami prawnymi, ani z religijnym charakterem seminariów duchownych. Wśród ich poczynań, których Kościół nie mógł akceptować, były: żądania wizytowania wykładów teologii i filozofii, składania egzaminów wobec wizytatorów, udostępnienie władzom personalnych akt studentów, wzywanie kleryków bez wiedzy władz seminaryjnych do Urzędów do Spraw Wyznań i do Urzędów Bezpieczeństwa. Charakter dyskryminacji miało traktowanie seminariów jak szkół średnich, chociaż przyjmowano do nich tylko młodych ludzi z maturą i nauka w seminariach miała charakter studiów wyższych.

Dyskryminowany był także Katolicki Uniwersytet Lubelski ( dyskryminacje w dziedzinie majątkowej, podatkowej i naukowej, niezatwierdzanie habilitacji itp.). Kard. Stefan Wyszyński dopominał się bardzo stanowczo uregulowania przez władze państwowe tych spraw i wyraził gotowość podjęcia dialogu dla rozwiązania problemów. List Prymasa Tysiąclecia do Józefa Cyrankiewicza stał się jednym z głównych przedmiotów obrad Komisji Głównej Episkopatu Polski, które odbyły się 10 marca w Warszawie. Księża biskupi uznali, że sprawa jest na tyle ważna, że potrzeba, żeby i oni interweniowali u Premiera. Stosowne pismo zostało przygotowane i podczas następnego posiedzenia Komisji, 10 kwietnia, podpisane przez jej członków i wysłane do Premiera. Biskupi polscy skoncentrowali się z kolei na przejawach dyskryminacji w nauczaniu religii dzieci i młodzieży.

Według biskupów dyskryminacją były polskie prawa:

- zakazujące zakonnikom nauczania religii i prowadzenia punktów katechetycznych w domach zakonnych, co naruszało zagwarantowane Konwencją prawo rodziców do religijnego wychowania dzieci z jednej strony, z drugiej zaś równego traktowania wszystkich ludzi w dziedzinie oświaty;

- uzależnienie zgody na prowadzenie katechizacji od wcześniejszego zarejestrowania punktu katechetycznego;

- rozbudowany nadzór nad katechizacją, wchodzący w dziedzinę wychowania religijnego, a więc dziedzinę zarezerwowaną z samej natury Kościołowi.

Ani list Księdza Prymasa, ani pismo Konferencji Głównej Episkopatu Polski nie doczekały się odpowiedzi ze strony władz.